Qora dengiz basseyni bir necha o‘n million yillar muqaddam Qrim, Kavkaz va Anatoliya (hozirgi Turkiya hududida)dagi Pontiy tog‘ tizmalari o‘rtasidagi yer yuzasining turtib chiqishi natijasida hosil bo‘lgan.

Bu bo‘rtik joy Yer hobig‘ining doimiy, to shu kungacha davom etayotgan harakatidan paydo bo‘lgan. Bunday harakatlar tektonik harakatlar deb ataladi. Aynan shunday harakatlar bu mintaqada sodir bo‘lib turadigan halokatli zilzilalarga sabab bo‘ladi. Bunday halokatli zilzilalarning eng so‘nggisi Armanistonda ro‘y bergan edi.

Tarix davomida Qora dengizning ko‘rinishi tektonik jarayonlar hamda dunyo okeani sathining ko‘tarilib tushishi oqibatida bir necha marta o‘zgargan. Bir vaqtlar Qora dengiz Kaspiy dengizi bilan tutashib, ulkan ko‘l hosil qilgan. Ba’zan suvning sathi ko‘tarilib, u hatto O‘rta Yer dengizi bilan tutashgan vaqtlar ham bo‘lgan. Natijada Qora dengiz suvi tarkibidagi tuz miqdori yanada ortgan.

Bunday o‘zgarishlarning tarixini dengiz tubidagi cho‘kindi jinslar tarkibidan ham bilib olsa bo‘ladi. Bu jinslar orasida dengiz suvining sho‘rlanishi oqibatida qirilib ketgan mollyuskalar qoldig‘ini uchratish mumkin.

Qora dengiz suvining hozirgi sathi bundan, taxminan, 5000 yil avval paydo bo‘lgan.