Султон Ҳусайн Амир Темурнинг эвараси бўлиб, 1438 йил июль (ҳижрий 842 йил, муҳаррам) ойида Ҳиротнинг шарқи-шимолидаги Давлатхона саройида дунёга келган. Унинг отаси Ғиёсиддин Мансур Бойқаро Мирзонинг учинчи ўғли эди. Бойқаро Мирзонинг отаси эса Амир Темурнинг иккинчи ўғли Умар Шайх (1356—1394), онаси Феруза бегим эса ота томонидан Амир Темурнинг катта қизи Ўги Беги хонимнинг ўғли Султон Ҳусайн Мирзонинг қизи бўлиб, Феруза бегимнинг онаси Қутлуғ Султон бегим эса Амир Темурнинг учинчи ўғли Мироншоҳ Мирзонинг (1366—1408) қизи эди. Дарҳақиқат, Ҳусайн Бойқаро Заҳириддин Муҳаммад Бобур таърифлаганидек, “Карим ут-тарафайн”, яъни ҳар икки томондан ҳам насаби Амир Темур Кўрагонга бориб туташади.
Ҳусайннинг отаси Ғиёсиддин Мансур 1445 йилда вафот этгач, Ҳусайн 14 ёшигача мактабда таълим олади ва шу мактабда ёш Алишер билан дўстлашади.
1452 йилда ёш Ҳусайн Ҳирот ҳукмдори Абулқосим Бобур саройига хизматга киради. 1457 йили Абулқосим Бобур вафотидан сўнг, Ҳусайн Мирзо саройни тарк этиб, Марв ҳукмдори Санжар Мирзо Марвий саройига хизматга ўтгач, ҳукмдор ўз қизи — 15 ёшли Бека Султонни унга никоҳлаб беради. Бироқ, қайната билан куёв ўрта-сига совуқчилик тушиб, саройдан кетишга мажбур бўлади. Шундан сўнг Ҳусайн Мирзо ўн йилдан кўпроқ вақт давомида Хоразм, Хуросон, Астробод, Мозандарон ва Журжон оралиғида саргардонлиқда умр кечирди. Бу давр мобайнида Темурий шаҳзодаларнинг тожу-тахт учун олиб борган ўзаро урушларида Ҳусайн Мирзо ҳам фаол қатнашиб, Ҳирот ҳукмдори Султон Абусаййид Мирзо (1424—1469) ҳалокатидан сўнг, 1469 йил 24 март, жума куни Ҳусайн Мирзо тантана билан Ҳиротга кириб келди ва ўша куни Жомеъ масжидида унинг номига хутба ўқилди.
Тарихий манбалардан шу нарса муълумки, Султон Ҳусайн Бойқаро Темурий шаҳзодалар орасида жасоратли, мард, одил ва тадбиркор салтанат соҳиби бўлган. У ҳукмронлик қилган даврда Хуросон фуқаролари бирмунча осойишта ва фаровон ҳаёт кечирган. Айниқса, унинг вазири Алишер Навоийнинг саъй-ҳаракатлари натижаси ўлароқ, мамлакатда йирик сув иншоотлари, маъмурий ва маданий қурилишлар, мадраса, масжид, карвонсарой, работлар, кўприклар ва шу каби қурилиш ишлари кенг кўламда олиб борилган. Шу боис Султон Ҳусайн Бойқаронинг ҳукмронлик даврида Ҳирот фан ва маданият марказига айланган эди. Бу даврда илму фаннинг барча жабҳаларида қалам тебратган билимдон олимлар, сўз усталари, адиблар, шоирлар, мусиқашунослар, ҳунарманд наққошлар ва мусаввирлар Ҳиротнинг довруғини жаҳонга машҳур қилганлар.
Султон Ҳусайн Бойқаро Хуросон музофотида, айниқса, Ҳиротда диний ва маданий-маиший биноларни кўплаб қурдирди. Бу қурилишларнинг асосий мутасаддиси сифатида Алишер Навоийни кўрсатиш жоиздир. Шунингдек, шаҳаншоҳнинг яқин кишилари ҳамда бек ва амирлари ўз номларини абадийлаштириш мақсадида масжид, мадраса, работ, кўприк, ҳаммом ва шунга ўхшаш қурилишлар билан шаҳар кўркини янада жилолантирганлар. Чунончи, Султон Ҳусайн Бойқаро Гозургоҳ яқинида ўз номига мадраса, Ҳирот ташқарисида “Боғи байт ул-имон” ва “Боғи хамса оройи” боғларини барпо этган. Султон Бадиуззамон Мирзо номи билан аталувчи “Мадрасайи Бадиъа” ҳам Султон Ҳусайн Бойқаро даврининг улкан обидаларидан биридир. Бу даврда таъмирланган Жомеъ масжиди улкан бинолардан бўлиб, 403 гумбази, 130 равоқи ва 44 устуни бўлган.
Шунингдек, Алишер Навоий ҳам ўз ҳисобидан бир неча маданий-маиший бинолар, чунончи “Сафоия” номли ҳаммом ва “Шифоия” номли касалхона қурдирган.
Тарихчи Хондамирнинг ёзишича, Хуросонда қирққа яқин йирик иншоотлар Султон Ҳусайн Бойқаро даврида вужудга келган ва Ҳиротга атроф-теваракдан олимлар, шоирлар, адиблар, рассомлар, хаттотлар, мусиқачилар ва бошқа ҳар хил ҳунар аҳллари кириб кела бошлаган. Жумладан, ўша даврда табиб Ҳусайн Жарроҳ ичакни кесиб даволашда чумолидан фойдаланиш усулини ихтиро қилган. Устод Саййид Аҳмад ғижжак, Устод Шоҳқули ғижжак, Устод Қул Муҳаммад удий, Устод Ҳусайн удий, Устод Шайх Фоний ноилар Хуросонда ном чиқарган етук мусиқашунос алломалардан бўлган. Наққошлик ва хаттотлик соҳасида Хожа Мирак наққош, Мавлоно Хожа Муҳаммад наққош ва буюк истеъдод соҳиби Устод Камолиддин Беҳзодлар ўз маҳоратлари билан Хуросон фахри ҳисобланган.
Заҳириддин Муҳаммад Бобур Ҳусайн Бойқаро замонидаги олимлар, фозил ва шоирлар ҳақида гапириб, уларнинг ҳаммасини саромади Мавлоно Абдураҳмон Жомий, шунингдек, Шайхим Суҳайлий, Ҳусайн Али Туфайлий, Осафий, Биноий, Сайфи Бухорий, Мир Ҳусайн Муаммоий, Мулло Муҳаммад Бадахший, Юсуф Бадиий, Оҳий, Шоҳ Ҳусайн Коший, Ҳилолий Аҳлий, Муҳаммад Солиҳ ва бошқалар ҳақида қисқача тўхталиб ўтади. Алишер Навоийнинг таъкидлашича эса Ҳусайн Бойқаро қадимги турк тилининг тақдирига бефарқ бўлмай, унинг ривожи учун қатор чора-тадбирларни амалга оширган. Ўша давр адабий муҳитининг баъзи бир “мўътабар” намояндалари назарида турк тили таҳқирланиб, мазкур тилда ижод этиш, ижодкорнинг истеъдодсизлигини билдирувчи нуқсонлардан бири деб ҳисобланган. Бинобарин, араб ва форс тилларига эътибор берилиб, турк тили камситилган. Ана шундай шароитда Ҳусайн Бойқаро ёзувда турк тилини истеъмолга киритиш борасида махсус фармон берган. Бу дадил қадам мамлакатнинг сиёсий, ижтимоий ва маданий ҳаётида катта воқеа бўлгани шубҳасиз.
Ҳусайн Бойқаро форс ва туркий тилларида ғазал битиш иктидорига эга бўлса-да, асосан турк тилида “Ҳусайний” тахаллуси билан ижод этган. Унинг таъби назми ҳақида Алишер Навоий “Мажолис ун-нафоис” асарида шундай ёзади: “Ул хазратнинг хўб ашъори ва марғуб абёти бағоят кўпдур ва девон ҳам мураттаб бўлубтур”.
Султон Ҳусайн Бойқаро Хуросон ҳудудини ички ва ташқи душмандан тозалагач, беғамликка, айшу-ишратга берилади. Ҳукмдорнинг сўнгти йиллари мамлакат ичида вужудга келган исёнларни бостириш билан ўтади. Бу исёнлар ўз ўғиллари тарафидан мулк талашиб, кўтарилган низо ва можаролардан иборат эди. Аммо шунга карамай, у қўлидан келганича мамлакатда адолат ва осойишталикни, илм-маърифат ва маданиятни равнақ топтиришга ҳаракат қилган. 1506 йил баҳорида Султон Ҳусайн Бойқаро хасталигига қарамай Хуросон қўшинини йиғиб, Муҳаммад Шайбонийхонга қарши Мовароуннаҳр ҳудудига қараб йўл олади. Шаҳаншоҳ Бобо Илоҳий мавзеига етганда, аҳволи оғирлашиб, қўшинни тўхтатишга қарор қилади. 1506 йил 5 май, душанба куни кечқурун салтанат соҳиби Абулғозий Султон Ҳусайн Мирзо Бойқаро сактайи қалб (апоплексия) касали билан 69 ёшида оламдан ўтади.
т.ф.н. Т. Файзиев